APE - самое высокое сжатие аудио, но при этом сильная нагрузка на процессор, в следствии чего затруднительна навигация по аудио-файлу. Ну и ко всему, в моем аудио-плеере (AIMP Classic 1.75) никак нельзя отредактировать тэги APE-файлов, что сильно напрягает.
FLAC - мой самый любимый кодек сжимающий без потерь! Правда, качество сжатия не такое высокое, как у APE, но для меня это не критично. Навигация по аудио-файлу молниеносная и визуально ничем не отличается от тех же MP3-файлов. Полная поддержка тэгов в моем плеере (AIMP Classic 1.75) также добавляет программе лишних баллов. Мало того, проект этот еще и мультиплатформенный (Mac OS X, Linux, Unix, FreeBSD etc.)! В общем, мой выбор!!
WMA - очень и очень неплохой вариант. Качество сжатия на высоте и практически ничем не уступает APE’у. Никаких дополнительных кодеков устанавливать тоже не придется - все изначально есть в самой Windows. Навигация по файлу довольна шустрая. Но опять-таки, формат этот распространен только на ОС от Microsoft, а значит на том же Linux'е прослушать любимые WMA'и уже не удастся
